İnci Taneleri, yıllar sonra özgürlüğüne kavuşan Azem Yücedağ’ın, geçmişiyle hesaplaşarak hayatını yeniden kurma mücadelesini anlatıyor. Uzun süre cezaevinde kaldıktan sonra dışarı çıkan Azem, geride bıraktığı hayatın artık eskisi gibi olmadığını görür. Geçip giden yıllar, dağılan aile bağları ve taşıdığı ağır vicdan yükü, onun yeni bir başlangıç yapmasını oldukça zorlaştırır.
Geçmişte çevresine yol gösteren, saygın ve güçlü bir öğretmen olan Azem, yaşadığı olayların ardından yalnızlaşmış bir adam olarak hayata tutunmaya çalışır. En büyük amacı, yıllar boyunca kendisinden uzak kalan sevdiklerine ulaşmak ve parçalanan hayatını yeniden bir araya getirmektir. Ancak bu yolculukta yalnızca geçmişiyle değil, kendi içinde taşıdığı acılar ve pişmanlıklarla da yüzleşmek zorunda kalır.
İstanbul’un farklı kesimlerinden insanların hayatlarını aynı hikâyede buluşturan İnci Taneleri, sevgi, umut, pişmanlık, özlem, affetme ve yeniden başlama duygularını merkezine alıyor. Azem’in yolu farklı karakterlerle kesiştikçe, her insanın dışarıdan görünmeyen yaraları, sırları ve geçmişten taşıdığı yükler olduğu ortaya çıkıyor. Dizi, tüm bu hikâyeler üzerinden insanın geçmişle hesaplaşmasını ve hayata yeniden tutunma çabasını etkileyici bir anlatımla ekrana taşıyor.